一架满载乘客的飞机从德国汉堡起飞，目的地是美国的波士顿。有个从登机起就一直狂躁不安的乘客掏出一支注射器，给自己注射了一管很像胰岛素的东西。片刻之后，他的整个身体开始液化，这种现象迅速传遍了整个机舱，所有乘客和机组人员的身体都跟着开始融化……飞机准时在波士顿洛根机场降落，但是飞机上的无线电通讯却始终保持沉默……

　　Olivia 和John启动了全面调查程序。他们在一间秘密实验室里发现了一大堆化学实验设备。John发现一名男子，男子开始逃跑，并掏出自己的手机。当他按下几个键后，实验室爆炸了。

　　当Olivia苏醒来时，发现自己躺在医院，John还活着，唯一不同的是，他的整个身体已经水晶化了，各种拯救John的方法都失败了，面临失去爱人的痛苦，Olivia只有求助于唯一能帮她的人－－天才科学家Walter Bishop博士。

　　人们一直认为Walter Bishop博士有精神病，极其危险，并将其锁在精神病院里。只允许他的家人前去探望。他现在唯一的家人就是关系素来疏远的儿子Peter－－一个好赌成性的天才。

　　Olivia千里迢迢去巴格达找Peter，强迫他协助自己进入精神病院，见到了性格滑稽、行为古怪、讲话不合逻辑的疯老头Walter Bishop博士。Olivia编了个理由，把Walter从精神病院弄了出来。

　　Walter回到了已经废弃了17年的实验室。Walter将Olivia的意识植入John昏睡的大脑中，Olivia终于看清了飞机上那名元凶的长相！这可能是一对双胞胎兄弟！并且凶手替普罗米修斯公司工作！

　　Olivia最终找到了Richard Stenson－－本集故事中的元凶，但Richard却说这是有人强迫他干的。如果他不干，对方威胁要杀死他的兄弟。当Olivia继续追查下去时，发现隐藏在FBI内部的间谍就是自己的情人John Scott，威胁Richard的人也是他！但此时，已被治愈的John丧生于一场车祸中。John究竟为谁工作？