一名“边缘档案部门”的团队成员被攻击，恐怖生物学家David Robert Jones再度回归。巨力公司的创始人，沃尔特另类科研方面的旧搭档威廉·贝尔博士终于现身。与此同时，沃尔特·毕舍普博士再度失踪，观察者带沃尔特回到他曾经居住的房子找回记忆，并要求沃尔特利用穿越平行宇宙的装置补上两个世界之间的洞，从而保持世界之间的平衡。